Ребята, вам не стоит путать понятия.
Во-первых, то что касается плавсредств то ниже определённого ранга (третьего?) они своей части не имели. Поэтому, ПЛКа пр.201 и были литерными, а их в/ч соответствовала дивизиону, в который они входили. На больших кораблях (о которых идёт речь), литеры присваивались БЧ и службам на основании того, что они являлись подразделениями на самом корабле.
В дивизионах, катера имели литеры с начала алфавита, но по мере списания или перевода катеров, литеры выпадали. А через время, эти литеры присваивались вновь вошедшим в часть катерам. В итоге образовывался ералаш.
P.S. Кстати, само понятие "в/ч пп" после войны было применимо лишь к частям, дислоцировавшихся за рубежом. На конвертах для отправки в их адрес из Союза, вместо индекса всегда писался номер части, с добавлением слева ещё цифры "0"