Судя по разнообразным источникам на литер П начинались и ракеты, и ракетные комплексы и ЕМНИП только ПКР. Поскольку большинство ПКР придумал КБМ, могу предположить, что он дал (предложил) "тайное" сокращение от слова "П"ротивокорабельный. (А почему "Ы" - чтобы никто не догадался) Далее, в духе запутывания сил противника и своих сил, по мере возникновения новых комплексов эта традиция стала распространяться то на ракету, то на комплекс в целом. Это как литер М и К в индексном наименовании - 3М-45, 4К-75. Почему - знает (знал) только узкий круг тех кто это присваивал. Т.к. 3М и 4К были и лодочные ракеты и корабельные, и крылатые и баллистические...
Главная задача - мозги запудрить, а заодно и тему можно открыть для обсуждения, - чем П-50 отличается от П-700.
Вот так и пишется история ракетного оружия...