С 1935 года УБЕКО были преобразованы в гидрографические отделы флотов, а военно-морских базах были созданы гидрографические районы и участки. Начальник отдела подчинялся командующему флотом (флотилии), но специальное руководство отделами оставалось за Гидрографическим управлением. Начальники районов и участков перешли в подчинение командиров военно-морских баз, и гидрографические отделы флотов осуществляли специальное руководство ими. Эта реорганизация приблизила Гидрографическую службу в лице отделов, районов, участков к непосредственному обеспечению флота, и возложила всю ответственность за деятельностью флотских гидрографических подразделений на командование флотами и флотилиями. Гидрографов начали привлекать к флотским учениям, штабным играм, что повысило их оперативно-техническую подготовку. Были созданы Гидрографические отделы на Балтийском, Тихоокеанском, Черноморских флотах, на Северной и Каспийской флотилиях, а в 1936 году - на Амурской флотилии. Гидрографическим отделам Северной флотилии и Тихоокеанского флота были подчинены гидрографические экспедиции, а отделам других флотов и флотилий - гидрографические отряды.
С 1939 года при Гидрографическом отделе КБФ на базе гидрографического отряда была образована Гидрографическая экспедиция Балтийского флота. Реорганизация коснулась и Гидрографического управления. Вместо пяти ранее существовавших отделов, было создано семь: организационно-плановый, штурманский, гидрографического изучения, навигационного-оборудования, гидрометеорологический и два отдела материально-технического снабжения. Резкое увеличение объема работ привело к организации самостоятельного производственного подразделения - Картосоставительского отдела, с 1940 года - Картографического отдела Гидрографии ВМФ.
Флаг гидрографических и лоцмейстерских судов 1935-1950 гг.