У такой схемы уйма тяжелейших недостатков
1) Главный, про надводное положение, тебе уже сказли
2) Трудно скомпоновать силовую передачу. Так от ГТЗА просто прямой вал на винты идет, а при такой схеме придется извращаться.
3) Для выдвижных устройств места не остается
4) Тяговое усилие будет приложено не через центр сил, вследствие чего лодку будет постоянно затягивать в пикирование, что необходимо будет устранять рулями
5) Донное сопротивление великовато будет. Гидродинамика требует веретенообразной формы корпуса, а тут сзади вместо веретена такая толстая тупая оконечность будет, что само по себе будет порождать сильную турбулентность прямо за кормовым ГАК. Фото полета пули видели? Так вот что-то похожее и за кормовым ГАК будет.