Как любил говорить мой шеф в таких случаях: "Вопрос - на 5 лет лишения свободы"
Отсутствия информации по теме РЭБ не случайно - это одна и самых засекреченных областей военной техники.
Если касательно роли РЭБ в отражении атаки ПКР, то очень большая, чуть ли не больше чем зенитных средств. По открытым источникам можете посмотреть опыт фолклендской войны. Там британцы активно использовали РЭБ против арговских "Экзосетов" По факту именно помехи были наиболее эффективным средством борьбы с ними: на круг отведено помехами было больше ракет, чем сбито зенитными средствами. Так что несмотря на упорное замалчивание этой темы в открытой литературе, скромные "шарики" на надстройках корабля и "тумбочки" залповых ракетных систем РЭБ имеют для отражения атаки ПКР не меньшее значение, чем грозные зенитные ракеты и пушки.
Правда справедливости ради, на современных ПКР стоят сильно иные ГСН, чем на Экзосетах первой модификации, что были у аргов.
Что до влияния собственных станций РЭБ на работу своих комплексов, то да. Такая проблема может иметь место. Электромагнитная совместимость различных боевых и связных комплексов боевого корабля - это традиционная головная боль флотских специалистов и конструкторов. Именно по этой причине погиб Шеффилд: его РЛС создавала помехи станции спутниковой связи, через которую командир корабля в момент атаки общался с Лондоном. Поэтому идущий на корабль Экзосет был обнаружен корабельной станцией РТР и РЭБ по излучению ГСН, а это считанные секунды до поражения. Аналогичные проблемы, естественно, могут быть и со станцией РЭБ.
Правда по понятным причинам вряд ли Вы где в открытой литературе найдете откровения на тему реального состояния дел и реальных проблем с ЭМС на современных боевых кораблях. Уж очень это щекотливая тема, тут лишняя пара слов сказанная знающим человеком может сильно обесценить боевую устойчивость дорогущего военного корабля. Это все равно что сдать "ахиллесову пяту". И противник зная куда и когда бить может взять корабль голыми руками.